En fornuftig sæson overskygget af to 0-5 nederlag…
Der var få, men markante udskiftninger i den korte sommerpause. Martin Albrechtsen skiftede til West Bromwich Albion. Morten Bisgaard tog Derby County, mens Bora Zivkovic fortsatte karrieren i Frederikstad FK. Der kom dog tre skandinaviske landsholdsspillere ind den anden vej: Janne Saarinen fra 1860 München, Magne Hoseth fra Molde og Tobias Linderoth fra Everton.
To uafgjorte kampe i Superligaen gav en lidt haltende start på sæsonen, men sæsonen blev for alvor defineret i 2. kvalifikationsrunde til Champions League. Efter 2-1 ude over slovenske Gorica, tabte løverne helt ufatteligt returkampen med 0-5! Et af de værste resultater i klubbens historie, og ikke nok med at man røg ud af europæisk fodbold, men resultatet og præstationen påvirkede også resten af sæsonen.
I Superligaen genfandt holdet aldrig den form, der gav The Double sæsonen før, og efter nederlag til blandt andet Brøndby, FCM og AGF, haltede F.C. København 16 point efter førstepladsen ved vinterpausen.
Forårssæsonen viste sig dog hurtigt at blive mere interessant end de fleste eksperter havde forudset. Med en serie på 7 sejre i træk reducerede FCK afstanden til 4 point, men tabte pusten til sidst og vandt kun 2 af de sidste 8 kampe og måtte nøjes med sølvmedaljerne.
Samme forår hjemtog klubben historiens første Royal League-titel efter en maratondyst af en finale på Nya Ullevi, hvor IFK Göteborg først blev besejret efter straffesparks-konkurrence. I den hjemlige pokalturnering røg man til gengæld ud i semifinalerne efter to tætte opgør mod Brøndby.