Det endelige europæiske gennembrud – og mesterskab igen
I løbet af sommeren 2006 takkede sportsdirektør Niels-Christian Holmstrøm af og overlod posten til Carsten V. Jensen, der fik titlen som sportschef. Der skete også en del ændringer i spillertruppen, og den absolut største transfernyhed - nok den største siden Brian Laudrup-handlen - var Jesper Grønkjærs ankomst. Efter mange år i udlandet hos Ajax, Chelsea, Atletico Madrid og Stuttgart vendte nordjyden hjem til Danmark og gjorde en i forvejen solid og kompetent trup endnu bedre.
Efter to sikre sejr mod AC Horsens og Silkeborg ventede sæsonens første europæiske hurdle, finske MyPa-47 i anden kvalifikationsrunde til UEFA Champions League. I PARKEN vandt Byens hold med 2-0, mens returkampen blev kørt hjem med 2-2. Dermed stod den hollandske storklub, AFC Ajax, som næste og sidste forhindring før det forjættede land.
Holdet leverede en fantastisk indsats i den første kamp i PARKEN. Hurtigt spil, fight og fine chancer resulterede i et klart FCK-overtag, men desværre endte det hele med et 1-2-nederlag. Det var som om man havde hørt den historie før, og hver gang endte den med lige-ved-og-næsten…
Der var i hvert fald ikke mange, der havde levnet FCK store chancer i returkampen i Amsterdam, hvor man skulle vinde med to overskydende mål for at avancere til gruppespillet – men fodboldmirakler sker af og til! Ajax havde flere store chancer i 1. halvleg, men så vendte kampen. Michael Silberbauer scorede til 1-0 efter en dødbold, og Thomas Vermaelen sørgede for et gyldent selvmål på William Kvists indlæg fra kanten. Ajax var rystet, og selv om de forsøgte at fremtvinge den livsvigtige reducering, holdt løverne stand - og spillede sig for første gang i Champions League-gruppespillet!
Her var modstanderne Manchester United, Benfica og Celtic, og alle kampe fik enorm opmærksom fra hele sportsverdenen. Hjemmekampen mod Manchester United vil for altid stå som en milepæl i klubbens historie, da løverne vandt 1-0 på et mål af Marcus Allbäck i 2. halvleg. PARKEN gik amok i en glædesrus, og sejren skabte håb for videre avancement i gruppen.
Trods 7 point endte københavnerne dog sidst i gruppen, da de andre resultater ikke rigtig flaskede sig - men spillerne havde givet fansene seks mindeværdige kampe og langt om længe fået det europæiske gennembrud, som man havde jagtet så længe. Og da først man fik foden indenfor, blev det indledningen til en imponerende række af europæiske gruppespil i den næste halve snes sæsoner. Hvor mange turde dengang gætte på, at klubben ville komme i fire Champions League-gruppespil de næste 10 år?
Succesen i Europa blev fulgt op hjemme i SAS Ligaen, hvor holdet gik på vinterpause med et forspring på 6 point. Foråret begyndte med Royal League. Efter to nederlag og en enkel sejr i efteråret 2006, havde Byens hold kniven på struben, hvis man skulle avancere fra gruppen og forsvare det dobbelte skandinaviske mesterskab.
Det lykkedes, og i kvart- og semifinalen blev Elfsborg og Helsingborgs IF elimineret, så man for tredje gang ud af tre mulig stod i en finale, der denne gang skulle spilles i og mod Brøndby. Det blev en tæt affære, som de blå/gule vandt på et straffespark i 1. halvleg, og det skulle i øvrigt vise sig at blive tredje og sidste gang den skandinaviske turnering blev gennemført.
I SAS Ligaen fortsatte løverne dog ufortrødent, og da man den 9. april kørte FC Midtjylland over med 4-1 i Herning, fjernede man reelt al tvivl om hvor skabet skulle stå.
Tre dage senere slog man også ulvene ud af pokalkvartfinalen, og efter semifinalesejre mod Lyngby var Byens Hold klar til en finale-revanche mod OB, der i 2002 vandt 2-1 i finalen. Men historien gentog sig - OB vandt igen med 2-1 og snød københavnerne for The Double.
En uge inden havde man nemlig definitivt sikret guldet med en 1-0-sejr i Brøndby, og de sidste fire kampe blev én stor fest på tribunerne og med mindre intensitet på banen.
Sæsonen 2006/07 blev dermed klubbens mest succesfulde indtil videre, og nu var den store udfordring at både forberede og forbedre et fantastisk FCK-hold til den kommende sæson, hvor man endnu engang skulle prøve at spille sig ind i en af de europæiske turneringer.