En stor sæson – "The Double" kom i hus! 

Oven på den lidt skuffen 07/08-sæson var alle i klubben indstillet på, at der skulle hives titler i land i 08/09!
 
Takket være sidste sæsons 3. plads var man klar til Europa League, og de første runder gav sikre sejre over nordirske Cliftonville og norske Lillestrøm. FC Moskva var sidste hurdle inden gruppespillet, og løverne lagde fra land med en fortjent 2-1 sejr i Rusland. I returkampen spillede københavnerne bedst, men alligevel kom russerne foran. Et russisk selvmål bragte dog balance i regnskabet, og dermed var det tredje gruppespil i træk en realitet.
 
Det så ikke specielt lovende ud efter tre af de fire kampe, som havde indbragt to point efter 1-3 hjemme mod St. Etienne og 1-1 ude mod Valencia og Rosenborg. Men med en sejr i sidste udekamp mod Club Brugge, kunne man stadig gå videre fra gruppen - og løverne leverede en fremragende præstation ved at vinde 1-0 på et mål af César Santin og dermed for første gang kvalificere sig til 1/16-finalerne efter jul.
 
Holdet leverede også et udmærket Superliga-efterår, og efter 11 sejre, 4 uafgjorte og blot 2 nederlag overvintrede man som nr. 2, to point efter Brøndby. I pokalen blev FC Vestsjælland, Næstved og Lyngby besejret, og dermed var man igen klar til semifinalerne.
 
Foråret blev indledt med to attraktive 1/16-finaler mod Manchester City, men selvom F.C. København leverede to glimrende kampe, endte det med et samlet 3-4 nederlag til englænderne.
 
I Superligaen blev foråret skudt godt i gang med en 1-0 sejr på Brøndby Stadion, der sendte løverne til tops i tabellen. Foråret blev dog meget spændende i toppen af ligaen, og man skulle langt hen i sæsonen, før der faldt en afgørelse.
 
Knap så meget spænding var der i pokalsemifinalerne mod Danmarksserieholdet Nordvest FC, men finalen mod AaB blev en mere tæt og jævnbyrdig affære, som københavnerne afgjorde til egen fordel på et sejrsmål af William Kvist.
 
Afslutningen på Superligaen tegnede til at blive meget tæt, og både Brøndby og OB havde længe mulighed for at snuppe guldet. Fynboerne slog FCK 3-2 sent i sæsonen, hvilket sendte Brøndby til tops, men i tredjesidste spillerunde satte Byens Hold tingene på plads. Foran 32.408 tilskuere i PARKEN leverede F.C. København et brag af en kamp og viste med en sikker 4-0-sejr over Brøndby hvem der var landets bedste fodboldhold. Ugen efter blev guldet endegyldigt sikret med en 1-0 sejr i Esbjerg, og dermed havde Løverne for anden gang i klubbens historie vundet "THE DOUBLE"!