| Dato | Ind | Ud | Fra/til |
|---|---|---|---|
| 01.07.12 | Andreas Cornelius | U19 | |
| 01.07.12 | Christoffer Remmer | U19 | |
| 01.07.12 | Jakob Busk | U19 | |
| 01.07.12 | Johan Absalonsen | AC Horsens (lejeophør) | |
| 01.07.12 | Martin Bergvold | Lyngby (lejeophør) | |
| 01.07.12 | Søren Frederiksen | Vejle (lejeophør) | |
| 01.07.12 | Morten Nordstrand | FC Nordsjælland | |
| 01.07.12 | Mathias Zanka Jørgensen | PSV | |
| 09.07.12 | Nicolai Jørgensen | Leverkusen (leje) | |
| 25.07.12 | Dame N'Doye | Lokomotiv Moskva | |
| 10.08.12 | Michael Jakobsen | Almeria | |
| 19.08.12 | Pape Paté Diouf | Molde (udleje) | |
| 21.08.12 | Igor Vetokele | Cercle Brügge | |
| 23.08.12 | Christian Gamboa | Rosenborg (udleje) | |
| 31.08.12 | Johan Absalonsen | SønderjyskE | |
| 31.08.12 | Peter Larsson | Helsingsborgs IF | |
| 31.08.12 | Bryan Oviedo | Everton | |
| 31.08.12 | Martin Bergvold | Esbjerg | |
| 03.09.12 | Youssef Toutouh | Esbjerg (udleje) | |
| 03.09.12 | Rúrik Gíslason | OB | |
| 10.09.12 | Nicolai Jørgensen | Lejeaftale -> fast kontrakt | |
| 03.11.12 | Christian Gamboa | Rosenborg (udleje) -> fast kontrakt | |
| 01.01.13 | Danny Amankwaa | U19 | |
| 01.01.13 | Pape Paté Diouf | Molde (lejeophør) | |
| 19.01.13 | Daniel Jensen | Novara | |
| 31.01.13 | Søren Frederiksen | AaB | |
| 07.02.13 | Christian Grindheim | Vålerenga (udleje) | |
| 08.03.13 | Mustafa Abdellaoue | Vålerenga (udleje) |